Менять полярность нужно и на входе, и на выходе железки. Тогда заработает.
Внутренняя схемотехника коммандера вряд ли известна, поэтому можно лишь делать предположения. На выходе, скорей всего, мощные ключи-транзисторы (или их микросхемные аналоги) с открытым стоком, если управление идет минусом. Следовательно, подвешиваем туда резисторы от 12 вольт вместо форсунок и на выходах имеем сигнал другой полярности. Инвертируем его (транзисторами или логикой, но 12 в логику еще поискать), дальше ставим еще мощный ключ, который будет уже управлять форсункой. Уже плюсом.
Со входом несколько сложней, т.к. что на входе - непонятно вообще. Но, скорее всего - некий аналог штатной форсунки по сопротивлению, чтобы эбу не думал, что форсунка неисправна. Сопротивление это весьма мало, поэтому воткнуть просто инвертер не выйдет, сгорит на...й по выходу. Следовательно, я бы ставил инвертер + мощный буфер-повторитель по его выходу, способный хотя бы на 0.5 А тока. Схемотехника буфера? Думаю, нужно искать специализированные ключи-драйверы для управления форсунками. Их есть, просто я уже давно не в курсе. Сейчас порисую и скажу точнее.
Сильвер, включайся, интересная тема пошла.