Есть два варианта-относительно простой и более сложный но действенный.
1.Берёшь щавелевую кислоту в концентрации 5-10 %(Доместос),кидаешь в бак кусок цепи с мелкими звеньями (гайки я бы не кидал,трудно их обратно выковыривать),заливаешь раствором кислоты,трясёшь,травишь,сливаешь,промываешь.И так до тех пор пока песок из бака идти не перестанет.Затем фосфатируешь ортофосфорной кислотой(восстановитель ржавчины),гасишь содой.Всё.
2.Электролиз в растворе каустической соды.Описывать не буду,это уже сделано.
http://bikedrug.ru/repair-shop/bak/elektroliz/Метод один подходит для слегка ржавеньких баков,метод два очень конкретный и эффективный.
После чистки и фосфатирования не оставляй бак пустым надолго.